Сергей Васильевич Багапш родился 4 марта 1949 года в Сухуме. Выпускник 10-й абхазской средней школы. Окончил Грузинский институт субтропического хозяйства по специальности «агроном». Во время учёбы в вузе также был рабочим на винзаводе, работал инкассатором в Абхазском отделении Госбанка СССР.

1972 г. – начальник агроотделения Моквского эфиромасличного совхоза.

1973-1974 гг. – служба в рядах Вооруженных сил СССР.

С 1974 г. – инструктор Абхазского обкома комсомола, заведующий отделом комсомольских организаций Сухумского районного комитета ЛКСМ.

С 1979 гг. – заведующий сектором информации ЦК ЛКСМ Грузии и, по совместительству,  заведующий отделом рабочей и сельской молодежи ЦК ЛКСМ Грузии.

1982 гг. - первый секретарь Абхазского обкома ЛКСМ Грузии.

1982-1989 гг. - первый секретарь Очамчирского райкома Компартии Грузии.

1989-1991 гг. – заместитель Председателя Государственного агропромышленного комитета Абхазской АССР.

1991-1992 гг. – председатель Очамчырского райсовета народных депутатов.

1991-1996 гг. – депутат Верховного Совета - Парламента Республики Абхазия первого созыва. 1992-1995 гг. - первый заместитель председателя Совета министров Республики Абхазия.

В период войны 1992-1993 занимался материально-техническим обеспечением обороноспособности Абхазии, прежде всего — оружием, боеприпасами, горючим, медикаментами, продовольствием. Вёл большую организаторскую работу среди добровольцев Юга России и Северного Кавказа.

Опыт, знания и связи Багапша в Москве имели колоссальное значение для жизнеспособности республики в период блокады. Он участвовал также в переговорном процессе по мирному урегулированию грузино-абхазского конфликта.

1995-1997 гг. - первый вице-премьер.

1997-1999 гг. - премьер-министр.

1999-2004 гг. - генеральный директор Государственной компании «Черноморэнерго».

В августе 2004 г. выдвинут кандидатом в президенты Республики Абхазия общественно-политическим движением «Амцахара», его кандидатуру поддержали общественно-политическое движение «Единая Абхазия», Федерация независимых профсоюзов Абхазии и другие организации.

12 января 2005 г. избран президентом Республики Абхазия.

12 декабря 2009 г. избран президентом Республики Абхазия на второй срок.

При С. Багапше, в августе 2008 г., была восстановлена юрисдикция Абхазского государства в верхней части Кодорского ущелья, контролируемого после войны грузинскими властями.

Именно при Багапше состоялось официальное признание Абхазии как суверенного и независимого государства Россией 26 августа 2008 года, а затем Венесуэлой, Никарагуа, Науру и Тувалу.

Возглавляемая Сергеем Багапшем официальная делегация Республики Абхазия в августе 2010 года впервые с ознакомительным визитом посетила страны Латинской Америки.

При президенте Багапше, впервые после признания Россией независимости Абхазии, республику с рабочим визитом посетил премьер-министр РФ Владимир Путин (2009 г.), а в августе 2010 г. - президент России Дмитрий Медведев.

Второй президент Абхазии Сергей Багапш скончался на 63-м году жизни, 29 мая 2011 года, через неделю после операции на легком, сделанной ему в Москве, в 83-й клинической больнице Федерального медико-биологического агентства России.

С.В. Багапш похоронен на родовом кладбище в селе Джгярда Очамчырского района, где покоятся его родители.